操控时必须做到以下几个方面的要求，优化分级结构。分级是超微粉碎系统至关重要的环节，中药超微粉碎机一个显著的特点，就是能实现连续的进料和出料，防止物料过细粉碎，造成不必要的能源消耗。适当加大分级轮直径、提高转速、降低空气流量，以确保分级机的分离粒径细小。可采用螺旋上料器、振荡下料器或星形下料器，以保证粉碎室内能源源不断得到物料的供给，满足粉碎室内的物料浓度。先进的双变频控制技术，使机器的控制可以达到较高的水平，对物料的出料速度和细度都有很大的提升。进入中药超微粉碎机的原始物料要尽可能细小。为达到此目的，应在进行超微粉碎前，采用普通机械式粉碎机进行预粉碎处理，这是节约能源和提高单位产量的直接有效的方法。
中药超微粉碎机应部署合适的场地条件，震动和噪声。直接入药或间接入药的不同净化要求，粉尘搜集与后处理，当地的环保要求。从工艺方面考虑应从以下几方面进行选择，待粉碎物料的特性、工艺细度要求，单味药材粉碎或多味药材混合粉碎。提取物浸膏干燥后单独粉碎或与其他物料混合粉碎。生药粉与提取物混合干燥后粉碎。特殊物料粉碎要求，产量匹配。微生物限度要求。根据工艺及环境要求选择粉碎设备时，要注意以下几点，处理量大小，被粉碎药物的颗粒大小和粒度分布要求。不同的剂型，要求粒度分布也不同。被粉碎药物内不能有金属等杂质。对粉碎的控制和环境卫生要求很高，应符合GMP。粉碎机内的温度控制严格，尤其是对热敏性药材及易燃、易爆性物料。某些药物韧性大、粘性大、含油和水分多，粉碎困难。
中药超微粉碎机是一种用于各种物料粉碎的仪器，具有工作效率高、操作简单、被广泛用于小型中药厂、中药店、中医院等领域中。中药超微粉碎机属间歇式粉碎，粉碎量从100g-500g不等，所以非常适合医药、食品、化工、农业、科研院所等，适用范围广等优点。